Ездили в августе как раз Вена-Прага, потом Прага-Амстердам-Прага, обратно в Вену и домой

Жили везде у друзей, так что про отели итп не скажу, но тут booking.com в помощь.
От Вены до Праги ездили на автобусах от studentagency (название напоминает о бэкпекерах, но все куда лучше) - отличные автобусы, кондиционер, сидения как в бизнес-классе, мониторы, фильмы, музыка, инет работает весь маршрут. Чай-кофе бесплатно разносят. Ехать часа 4 - вообще незаметно проходят. Рулить не надо, голова не болит, сидишь читаешь/кино смотришь.
Если вы строго по городам, без объездов обширных территорий, то машина, имхо, не нужна. Транспорт везде как часы да и расстояния небольшие. Такси накрайняк. Ну, может, это я так привык - поездить самому по городу, на людей посмотреть в трамваях/метро, как local парень, типа
На Прагу 5 дней много, как мне кажется. Летом стоило бы съездить в ботанический сад, что практически за городом, туда еще ходят трамваи речные, а весной ранней даже не знаю, что посоветовать кроме стандартных мест. В Вары тоже не советую, день уйдет а делать там нечего.
В Вене - Шёнбрюнн, хотя зелено, наверное, там еще не будет, зоопарк - там же. Есть парк аттракционов, не помню название, но недалеко от Praterstern - там самая высокая в европе (или в мире) крутилка-вихрь, метров 100-120 по-моему, обзор отличный и нервы пощекотать:
Больше ничего не вспомню, т.к. я никогда не беру экскурсии или карты, не планирую маршруты, хожу по городу просто так, чтобы понять, как и чем он живет, насколько это возможно за короткий срок.