Руководитель отдела - Вы. Ваше начальство не должно касаться, каким образом Вы строите работу отдела, при том что отдел выполняет то что от него требуется.

Если Ваше начальство собирается руководить Вашим отделом через Вашу голову. то Вы уже не руководитель отдела, а непонятно кто. Выводы при этом возникают такие:

Либо Ваш отдел не справляется с поставленной задачей и Вы плохой руководитель (нужно уходить). Либо Ваш отдел справляется с задачей, однако Вашему начальству хочется поруководить через Вашу голову (нужно уходить).

В любом случае, в этой компании Вам не место.