Апрель и октябрь - самое подходящее время для путешествий по Японии.
Если не были в Киото, я бы рекомендовал скататься, как раз туда минимум на пару дней нужно ехать.
Если насчет Токио.
На Tsukiji, Akihabara, Tokyo Tower, Shinagawa, Ginza Вы были.
Можно погулять по Odaiba, сходить в тамошние музеи технологий.
Сходить в платные японские парки в старинном стиле в разных частях Токио. Сходить в общественный парк Yoyogi - бесплатный - самый большой в Токио. Подняться на смотровую площадку токийской мэрии на Shinjuku - бесплатно. Если повезет с погодой - оттуда можно увидеть Фуджи.
Ночная жизнь - нужно ехать на Roppongi.
Для амурных дел, если по-простому, нужно просто пошарахаться в людных местах Shinjuku или Shibuya, к вам подойдет миловидное создание и предложит массаж. Но японок там не будет, в основном, филлипинки, китаянки, тайки.
Если молод телом, а важнее душой, то нужно просто завалится там же в бары с названиями на английском. Там куча гайджинов каждый вечер, но есть и японки, кореянки и другие азиатки, желающие пообщаться (не за деньги). Из бара в бар, а потом в love hotel для получения тяжких телесных удовольствий.
Можно еще посетить музей при храме Yasukuni (из-за посещения которого высокими японскими чинами возникает с...ч между Японией, Китаем и Кореей). Для японцев это место прославления национальных героев, для других - военных преступников. В музее можно посмотреть на самолеты и торпеды, которые использовались камикадзе во время второй мировой.
В окрестностях.
Можно съездить в городок с неблагозвучным для русского уха названием Yokosuka - база пендосского ВМФ.
В этом городе есть памятник - крейсер, участвовавший в русско-японской войне. На его борту хранится штурвал "Варяга" и его пробитая снарядами броня.
Там же есть обезьяний остров, где были укрепления второй мировой, когда джапы воевали уже с пендосами, туда курсирует катер из порта.
Можно съездить в Kamakura, посмотреть на большую статую Будды (с окнами в спине

) и вообще это древний и очень красивый городок на берегу Тихого океана.
Можно съездить на гору Takao, если нравятся пешие туристические маршруты по лесам. С вершины Такао при подходящей погоде видно Фуджи.
Можно съездить в Hakone - район горячих источников, прокатиться на фуникулере и кораблике по озеру с видами на красивые горы. Там же есть музей современного искусства.
Также интересен городок Kawagoe.
Иокогама близко к Токио, можно съездить туда в чайна-таун и Minato Mirai.
В общем-то, нужно исходить из личных предпочтений. Просто забейте указанные слова, чтобы узнать, как туда добраться. В районе Большого Токио инфраструктура очень развитая - доехать просто.
Прикрепил несколько своих фоток.