Отдавать на полировку исключительно в проверенные места, о которых уже есть отзывы и чем сложнее часы, с которыми работал мастер, тем лучше. Действительно, бездарная полировка может очень огорчить обмылком со слизанными гранями на выходе.
Вы не написали о какой выбранной вами мастерской идёт речь и чем вообще навеяны такого рода опасения, но если они просто засели в голове без конкретного отношения к этой мастерской (например прочитали такого рода отзывы о ней или это сомнительная изначально мастерская без имени и умений), то при прочих равных я таких историй про подлог часового механизма не читал.
Если прямо ну пипец как волнуетесь, то попросите мастера открыть крышку ваших часов до, сделайте фото механизма в нескольких ракурсах и повторите эту процедуру при получении - все просто