Для удобства проделывания отверстий под шов, есть специальный инструмент:


Что касается вопроса как завершить шов - только не узлом.

на картинке видно несколько витков в начале и в конце шва, край оплавить (если используете капрон), а если используете вощеную льняную нить, то достаточно в конце несколько завершающих витков.