Компания основана в 1881 году, когда Хаттори Кинтаро открыл магазин по продаже часов и ювелирных изделий под названием «K. Hattori» в токийском районе Гиндза. 11 лет спустя, в 1892 году, он начал производить часы под названием Seikosha, что приблизительно означает «Дом изысканного мастерства». Согласно официальной истории компании Seiko, озаглавленной «Путешествие во времени: Памятная история Seiko» (2003 год), японское слово «сэйко» означает «изысканность», «минута» или «удача».

Первые часы, выпущенные под брендом Seiko, появились в продаже в 1924 году. В 1969 году Seiko представила часы Astron, первые кварцевые часы. Когда они были представлены, их стоимость равнялась стоимости среднего по размеру автомобиля. Позднее Seiko пошла дальше и представила первый кварцевый хронограф. В 1985 году Seiko и Orient Watches организовали совместное предприятие.

Компания стала акционерным обществом (K. Hattori & Co.) в 1917 году и была переименована в 1983 году в Hattori Seiko Co. Ltd., а в 1990-м — в Seiko Corporation. После перестраивания и создания своих операционных подразделений (таких как Seiko Watch Corporation и Seiko Clock Inc.) в 2001 году компания стала холдингом и с 1 июля 2007 года стала называться Seiko Holdings Corporation.

Seiko наиболее широко известна производством наручных часов, все части которых когда-то производились компанией полностью на собственном производстве. Сюда относятся не только зубчатые колёса, моторы, стрелки, кварцевые генераторы, батарейки, чувствительные элементы, ЖК-экраны, но также и второстепенные элементы такие как масла для смазки и светящиеся составы, наносимые на стрелки и циферблаты. Сейчас часовые механизмы (калибры) производятся на фабриках в Сидзукуиси (префектура Иватэ) (SII Morioka Seiko Instruments), Нинохе (SII Ninohe Tokei Kogyo), Сиодзири (Seiko Epson) и в подразделениях компании в Китае, Малайзии и Сингапуре. Полностью самостоятельное производство и сборка всё ещё практикуются для моделей, поставляемых на внутренний японский рынок.