Исчезают конечно.

Да пятна исчезают, но осадок, так сказать остаётся. Мне всё таки кажется что это из-за отсутствия краски, ведь обычная, чёрная кожа не грешит этим или просто не видно этих пятин, то же повёлся на красивый цвет, хоть и прогнозировал такое развитие событий.

Это нормальное поведение натуральной "не черной" кожи, пятна от воды.

Пользуюсь такой ваксой http://www.twist.ru/products/fashion_care/50 пару за сезон
есть ли смысл менять на сапфир (гусь, тюлень) ?

Как по мне, ваксы Твист были отличными, пока делались в России, сам ими пользовался. Теперь их делают в Китае (гляньте у себя, кстати), это уже не так вакса, мне не понравилась.
Однозначно, Сапфир лучше, да и вообще их нельзя сравнивать, это игроки разного сегмента рынка. Американская вакса СноСил очень понравилась, и стоит гораздо дешевле Сапфира...только она без фена не применима, как и гусиный Сапфир.

А чем можно очистить замшу от белого налёта? Пробовал и паром, и разными средствами очистки для замши, но не помогает.

резиновая щетка не помогает?

Уксусом разведеным пробуйте.

Нет, никакого результата.

А спреем-краской для замши покрасить?