ultima, а Вы попробуйте произвести соответствующие замеры с помощью приложения Clock tuner и сравнить результаты. Меня WAM вполне устраивает. Также, дело может быть в конкретной модели смартфона и его микрофоне; все-таки это не специальный прибор для таких работ- все весьма приблизительно.

Я им давно пользуюсь, хорошее приложение - выкачку оно очень помогает отрегулировать, и этот параметр, в отличии от частоты, практически не изменяется при следующих измерениях.

Сразу скажу, я не специалист по ремонту часов. Проверял несколько разных механических часов на этой программе и сверял показания в сервисе на их хорошем, швейцарском, как они утверждают, таймграфере. Результаты практическо одинаковы.
Сначала они тоже посмеивались, но, сравнив результары замеров, стали относиться к программе нормально.

Затем я полностью заводил часы и устанавливал в них точное время по атомным часам.
Укладывал эти часы циферблатом вверх, снимал показания этой программой, через каждые 8 часов в течение двух недель.
После двух недель сравнивал показания атомных часов с механическими. Расхождение было примерно такое же, какое показывал Watch Accuracy Meter.

Поэтому мое мнение такое:
возможно, что расхождения с профессиональным прибором есть на какие-то доли секунды, но при настройки механики значения они не имеют.
Смартфон - это компьютер и в него можно заложить любую программу, в том числе ту же, что и в таймграфере.
Да, микрофон в смартфоне может и не такой чувствительный, но повторюсь - по моим опытам, и не на одних часах, программа показывала достаточно корректные данные.

Принципиальный отличий два:
1. микрофон в смартфоне заточен на разговор, там полоса килогерц до 5, а в приборе на значительно более высокие частоты, чтобы точнее отслеживать щелчок. Картина менее смазанная получается.
2. Точность кварца. В приборе ставят хороший кварц с низким коэффициентом термической зависимости. В смартфоне точность кварца не сильно принципиальна, т.к. часы постоянно подстраиваются по интернету. Но тут я с Вами соглашусь в том, что для недорогой механики этого достаточно, там 1-2 сек. в сутки не сильно принципиально. А вот для кварцев и качественной механики нужны уже кварцы с термостабилизацией. Самые топовые приборы имеют уже подстройку по сигналам GPS.

Пользуюсь как раз Clock Tuner (на LG Nexus 5X) - никаких расхождений не вижу. Настраивал модернизированный электромеханический Янтарь с кварцевой синхронизацией - если синхронизация нормально работает, программа показывает строго ноль.